自20世纪20年代起，人们开始利用伊萨尔河的水力发电，其结果不但对当地的动植物、而且也对人有很大的影响。为了保障河道上28座水电站得直水力河水被不断分开。比如从1923年开始瓦尔兴湖几乎全部被输到瓦尔兴湖发电厂，以至于在水位比较低的时候原来的河床干枯。从1990年开始水电厂保障原来的河道至少有4立方米/秒的水流。叙尔文施泰因水库的建造以及从19世纪开始在城市里对河床的改造也改变了河流原来的性质。叙尔文施泰因水库建成后其下游河水没有再蔓延出堤坝过。
近年来人们开始在一些河段上恢复伊萨尔河原始的状态。比如在慕尼黑南部约八千米的河段被自然化。河床被放宽、放平。同时原有的堤坝被加高、加宽和加固。
这个措施除改善了抗洪能力外，还提高了这段河道作为修养地区的价值。通过改善沿岸的污水处理厂今天伊萨尔河水达到德国二级水（中等污染）的标准。慕尼黑及其周边城镇决定努力将伊萨尔河水改善到可以游泳。通过在污水处理厂装设紫外线来杀菌水中细菌的数目得以骤减。但由于降雨时陆地上的水大量冲入河中，因此水的质量无法保持恒定。今天慕尼黑河两岸的感染警告的牌子虽然全部被拆除，但是水的质量依然无法达到一级的水平。
伊萨尔河畔有一系列自然保护区和风景保护区，一些石滩被指定为鸟类保护区。这些保护区是迁徙的水鸟的重要休息地，至今为止在伊萨尔河畔已经记录到260多种不同的鸟类，其中包括受危害的普通燕鸥和蓝点颏。
巴特特尔茨附近的伊萨尔河谷
早在1902年在慕尼黑就已经成立了一个伊萨尔河谷俱乐部，其目的在于保存伊萨尔河的美景。这是慕尼黑第一个公民行动组织。今天这个组织在伊萨尔河畔买下了90多公顷的地，将它们原始化，并且承担对330千米长的步行路和自行车路的维护。